С 2013 года патентная система налогообложения из вида упрощенного налогообложения выделена в самостоятельный налоговый режим. Патентная система налогообложения устанавливается главой 26.5 НК РФ, , вводится в действие в соответствии с НК РФ законами субъектов Российской Федерации и применяется на территориях указанных субъектов Российской Федерации.

Патентную систему вправе применять только индивидуальные предприниматели. При применении патентной системы налогообложения индивидуальный предприниматель вправе привлекать наемных работников, в том числе по договорам гражданско-правового характера. При этом средняя численность наемных работников, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, не должна превышать за налоговый период 15 человек по всем видам предпринимательской деятельности, осуществляемым индивидуальным предпринимателем.

Патентная система налогообложения применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.

Перечень видов деятельности, по которым возможно применение патентной системы, представлен в статье 346.43 НК РФ. Всего таких видов деятельности  47. Среди наиболее распространенных можно выделить:

- оказание автотранспортных услуг по перевозке грузов автомобильным транспортом;

- оказание автотранспортных услуг по перевозке пассажиров автомобильным транспортом;

- ремонт жилья и других построек;

 -  услуги по обучению населения на курсах и по репетиторству;

-  розничная торговля, осуществляемая через объекты стационарной торговой сети с площадью торгового зала не более 50 квадратных метров по каждому объекту организации торговли, а также  торговля, осуществляемая через объекты стационарной торговой сети, не имеющие торговых залов, через объекты нестационарной торговой сети;

 - услуги общественного питания, оказываемые через объекты организации общественного питания с площадью зала обслуживания посетителей не более 50 квадратных метров по каждому объекту организации общественного питания.

Законами субъектов Российской Федерации устанавливаются размеры потенциально возможного к получению индивидуальным предпринимателем годового дохода по видам предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения. При этом минимальный размер потенциально возможного к получению индивидуальным предпринимателем годового дохода не может быть меньше 100 тыс. рублей, а его максимальный размер не может превышать 1 млн. рублей (за рядом исключений, установленных для розничной торговли, общественного питания и предоставления имущества в аренду).

Применение патентной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате:

1) налога на доходы физических лиц (в части доходов, полученных при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения);

2) налога на имущество физических лиц (в части имущества, используемого при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения).

Индивидуальные предприниматели, применяющие патентную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате:

1) при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых не применяется патентная система налогообложения;

2) при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией;

3) при осуществлении операций, облагаемых в соответствии со статьей 174.1 Налогового Кодекса РФ.

Иные налоги индивидуальные предприниматели, применяющие патентную систему налогообложения, уплачивают в соответствии с законодательством о налогах и сборах, а также исполняют обязанности налоговых агентов,  т.е уплачивают  НДФЛ с заработной платы своих наемных  работников.

Документом, удостоверяющим право на применение патентной системы налогообложения, является патент на осуществление одного из видов предпринимательской деятельности, в отношении которого законом субъекта Российской Федерации введена патентная система налогообложения.

Форма патента утверждается федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

Патент выдается индивидуальному предпринимателю налоговым органом по месту постановки индивидуального предпринимателя на учет в налоговом органе в качестве налогоплательщика, применяющего патентную систему налогообложения.

Налоговая база определяется как денежное выражение потенциально возможного к получению индивидуальным предпринимателем годового дохода по виду предпринимательской деятельности, в отношении которого применяется патентная система налогообложения, устанавливаемого на календарный год законом субъекта Российской Федерации.

Налоговым периодом признается календарный год. Если патент выдан на срок менее календарного года, налоговым периодом признается срок, на который выдан патент.

Налоговая ставка устанавливается в размере 6 процентов.

Индивидуальный предприниматель, перешедший на патентную систему налогообложения, производит уплату налога по месту постановки на учет в налоговом органе:

1) если патент получен на срок до шести месяцев, - в размере полной суммы налога в срок не позднее двадцати пяти календарных дней после начала действия патента;

2) если патент получен на срок от шести месяцев до календарного года:

в размере одной трети суммы налога в срок не позднее двадцати пяти календарных дней после начала действия патента;

в размере двух третей суммы налога в срок не позднее тридцати календарных дней до дня окончания налогового периода.

Налоговая декларация по налогу, уплачиваемому в связи с применением патентной системы налогообложения, в налоговые органы не представляется. Налогоплательщики ведут учет доходов от реализации в книге учета доходов индивидуального предпринимателя, применяющего патентную систему налогообложения, форма и порядок заполнения которой утверждаются Министерством финансов Российской Федерации. Указанная книга учета доходов ведется отдельно по каждому полученному патенту.